Qui paie le salarié lorsque l’arrêt maladie se prolonge ? L’employeur peut-il organiser un contrôle, suspendre le complément de salaire ou envisager un licenciement ? Comment préparer le retour au travail ?
Un arrêt maladie prolongé soulève des questions financières, médicales et professionnelles. Pour le salarié, l’enjeu est de connaître ses droits et de préserver sa situation. Pour l’employeur, il s’agit de respecter ses obligations tout en organisant la continuité de l’activité et la reprise.
Il faut distinguer trois sujets : l’indemnisation pendant l’arrêt, le contrôle de sa justification et les conditions du retour au travail. Les règles présentées ci-dessous concernent principalement les salariés du secteur privé en arrêt pour maladie non professionnelle.
Pendant l’arrêt maladie, le contrat de travail est suspendu
L’arrêt maladie suspend le contrat de travail : le salarié est dispensé de travailler, mais la relation contractuelle se poursuit.
L’employeur ne peut donc pas lui demander de continuer à exercer ses fonctions, y compris en télétravail. Il ne peut pas davantage traiter une absence médicalement justifiée comme une absence sans motif.
Le salarié doit, de son côté, transmettre les justificatifs nécessaires et respecter les obligations liées à son arrêt, notamment les prescriptions médicales et les contrôles.
La suspension du contrat ne signifie toutefois pas qu’aucune rupture n’est possible. Les conditions d’un éventuel licenciement dépendent de son motif et de l’origine, professionnelle ou non, de l’arrêt.
Qui paie le salarié pendant un arrêt maladie prolongé ?
La rémunération habituelle peut être remplacée par plusieurs prestations, dont les conditions et les durées diffèrent.
| Dispositif | Qui le finance ? | Ce qu’il faut vérifier |
|---|---|---|
| Indemnités journalières (IJ) | Assurance maladie | Conditions d’ouverture des droits et durée d’indemnisation |
| Complément de salaire | Employeur | Ancienneté, convention collective et droits déjà utilisés |
| Prestations de prévoyance | Organisme assureur | Garanties du contrat, franchise et démarches nécessaires |
Les indemnités journalières (IJ) de l’Assurance maladie
Pour une maladie non professionnelle, les indemnités journalières (IJ) sont généralement versées après trois jours de carence, sous conditions d’activité ou de cotisations.
En règle générale, l’indemnisation est limitée à 360 jours sur une période de trois ans. Un arrêt en rapport avec une affection de longue durée peut relever d’un dispositif permettant une indemnisation sur une période de trois ans, sous conditions.
Un arrêt qui se prolonge n’est donc pas automatiquement une affection de longue durée. La durée de l’absence et la reconnaissance d’une ALD sont deux questions distinctes.
Le complément de salaire versé par l’employeur
Le dispositif légal suppose notamment un an d’ancienneté, la justification de l’absence dans les 48 heures et la prise en charge par la Sécurité sociale. Des exclusions et conditions supplémentaires existent.
Pour une maladie non professionnelle, le complément légal commence normalement au huitième jour d’arrêt.
Avec un à cinq ans d’ancienneté, il permet d’atteindre, indemnités journalières (IJ) comprises :
- 90 % de la rémunération brute pendant 30 jours ;
- puis deux tiers de cette rémunération pendant 30 jours.
Ces durées augmentent avec l’ancienneté. Les périodes déjà indemnisées au cours des douze mois précédents sont prises en compte.
La convention collective peut prévoir un maintien plus favorable, notamment sans carence ou à hauteur de 100 %. Il est donc indispensable de vérifier les règles applicables à l’entreprise.
Que se passe-t-il lorsque le maintien de salaire prend fin ?
La fin du complément employeur ne signifie pas nécessairement la fin des indemnités journalières (IJ). Une garantie de prévoyance peut également intervenir selon le contrat applicable.
Le salarié a intérêt à demander un état précis de ses droits : durée restante du maintien, éventuelle intervention de la prévoyance et démarches à accomplir.
L’employeur doit vérifier les garanties et effectuer les formalités nécessaires auprès de l’organisme assureur.
Lorsque l’employeur pratique la subrogation, il perçoit les indemnités journalières (IJ) à la place du salarié et les lui reverse avec le complément éventuel. Il faut alors distinguer les sommes provenant de l’Assurance maladie de celles supportées par l’entreprise.
L’employeur peut-il organiser une contre-visite médicale ?
Lorsqu’il verse un complément de salaire, l’employeur peut, dans le cadre applicable, mandater un médecin pour contrôler la justification de l’arrêt et sa durée.
Il doit également vérifier les dispositions conventionnelles encadrant ce contrôle, notamment les éventuelles conditions ou modalités particulières.
Comment se déroule la contre-visite ?
La contre-visite peut avoir lieu :
- au domicile du salarié ou au lieu de repos déclaré, sans préavis, pendant les horaires où le contrôle est possible ;
- au cabinet du médecin contrôleur, sur convocation.
Le salarié doit communiquer à l’employeur son lieu de repos s’il diffère de son domicile. En cas de sorties libres, il doit également préciser les horaires auxquels une contre-visite peut être effectuée.
S’il ne peut pas se déplacer au cabinet, notamment en raison de son état de santé, il doit en informer le médecin contrôleur et expliquer cette impossibilité.
Quelles informations sont transmises à l’employeur ?
Le médecin informe l’employeur du caractère justifié ou injustifié de l’arrêt, ou de l’impossibilité de procéder au contrôle pour un motif imputable au salarié.
L’employeur doit transmettre cette information sans délai au salarié.
La contre-visite ne permet pas à l’employeur d’accéder au diagnostic médical. Le contrôle porte sur la justification de l’arrêt et sa durée, dans le respect du secret médical.
Peut-on perdre son complément de salaire après une contre-visite ?
Oui, si l’arrêt est jugé injustifié ou si le contrôle n’a pas pu avoir lieu pour un motif imputable au salarié. Une absence justifiée par des soins ou un examen médical doit cependant être prise en compte.
Le salarié peut contester les conclusions, demander une autre contre-visite ou solliciter une expertise judiciaire devant le conseil de prud’hommes. Il doit conserver les convocations, conclusions et justificatifs utiles.
La contre-visite patronale ne supprime pas directement les indemnités journalières (IJ). En cas de conclusion défavorable ou de contrôle impossible, le médecin transmet son rapport au service médical de la caisse, qui peut prendre ses propres décisions.
En cas de désaccord sur le complément de salaire ou les conséquences du contrôle, un accompagnement peut vous aider à faire valoir vos droits en tant que salarié.
Quelles sont les règles de sortie pendant un arrêt maladie ?
Lorsque les sorties sont autorisées avec restriction d’horaires, le salarié doit être présent à son domicile de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, tous les jours, y compris les week-ends et jours fériés, sauf soins ou examens médicaux.
Les sorties libres permettent de sortir sans ces contraintes horaires, mais ne dispensent pas de respecter les prescriptions médicales ni de se soumettre aux contrôles.
En cas de séjour à une autre adresse, celle-ci doit être communiquée à la caisse et à l’employeur pour permettre les contrôles.
Avant un séjour à l’étranger, il faut vérifier auprès de la caisse les conditions de maintien des indemnités journalières (IJ), qui dépendent notamment du pays de destination.
Téléconsultation et faux arrêts : les règles à connaître
Un arrêt prescrit ou renouvelé en téléconsultation ne peut, en principe, dépasser trois jours. Au-delà, il ne donne pas droit aux indemnités journalières (IJ), sauf exception :
- prescription par le médecin traitant ou son remplaçant ;
- prescription par la sage-femme référente ;
- impossibilité justifiée de consulter un professionnel en présentiel pour une prolongation, dans les conditions prévues.
Depuis le 1er juillet 2025, lorsque l’arrêt n’est pas télétransmis, le formulaire papier Cerfa sécurisé est obligatoire. Après une période de tolérance durant l’été 2025, les anciens formulaires sont rejetés par l’Assurance maladie.
Les scans et photocopies ne remplacent pas l’original sécurisé à transmettre à la caisse. Cette règle doit être distinguée des modalités de transmission du volet 3 à l’employeur.
Côté salarié. Vérifiez que les documents destinés à la caisse sont télétransmis ou établis sur le bon formulaire. Pour une prolongation, consultez en principe le médecin ayant prescrit l’arrêt initial ou votre médecin traitant, sous réserve des exceptions prévues.
Côté employeur. Une photo du volet 3, une téléconsultation ou un changement de praticien ne prouvent pas, à eux seuls, une fraude. En présence d’anomalies concrètes faisant suspecter un faux document, les éléments peuvent être signalés à la caisse pour vérification.
Si les conditions sont réunies, une contre-visite médicale permet également de contrôler la justification de l’arrêt. Il faut distinguer le soupçon de faux document du désaccord sur le bien-fondé médical de l’arrêt.
Comment préparer la reprise après un arrêt maladie prolongé ?
Le retour peut nécessiter un aménagement du poste, des horaires ou de l’organisation du travail. Plusieurs dispositifs permettent de l’anticiper.
La visite de pré-reprise
Pour un arrêt de plus de 30 jours, une visite de pré-reprise peut être organisée pendant l’arrêt à l’initiative du salarié, du médecin traitant, du médecin-conseil ou du médecin du travail.
Elle permet d’étudier les conditions du retour et les adaptations envisageables.
L’employeur ne peut pas la demander directement. Il peut néanmoins informer le salarié de son existence et de son intérêt.
Le rendez-vous de liaison
L’employeur ou le salarié peut proposer un rendez-vous de liaison pour un arrêt de plus de 30 jours.
Cet échange, auquel le service de prévention et de santé au travail est associé, permet d’informer le salarié sur les dispositifs de prévention de la désinsertion professionnelle.
Il ne s’agit pas d’une consultation médicale. Le salarié peut le refuser sans conséquence.
Le temps partiel thérapeutique
Une reprise progressive peut être envisagée sur prescription médicale.
Sa mise en œuvre suppose d’organiser les conditions de travail avec l’employeur et, pour le versement éventuel d’indemnités journalières (IJ), de respecter les conditions de l’Assurance maladie.
Pour l’entreprise, un accompagnement juridique des employeurs permet de sécuriser les démarches et les décisions liées au retour du salarié.
Quand la visite de reprise est-elle obligatoire ?
La visite de reprise est en principe requise dans les situations suivantes :
| Motif de l’absence | Seuil |
|---|---|
| Maladie ou accident non professionnel | Au moins 60 jours |
| Accident du travail | Au moins 30 jours |
| Maladie professionnelle | Quelle que soit la durée |
| Congé maternité | À son issue |
L’employeur doit la demander au service de prévention et de santé au travail. Elle se tient le jour de la reprise ou, au plus tard, dans les huit jours suivants.
Une dispense est prévue par le décret du 12 juin 2026 lorsque :
- une pré-reprise a eu lieu dans les 30 jours précédant le retour ;
- le médecin du travail a indiqué qu’aucun aménagement individuel du poste ou du temps de travail n’était nécessaire ;
- ni le salarié, ni l’employeur, ni le médecin du travail ne demande une visite de reprise.
La seule existence d’une pré-reprise ne suffit donc pas à dispenser de visite de reprise. Il faut également vérifier les dispositions d’entrée en vigueur du décret selon la date de délivrance de l’arrêt.
Que se passe-t-il si le médecin du travail constate une inaptitude ?
Seul le médecin du travail peut constater l’inaptitude au poste. Le médecin traitant et le médecin contrôleur ne disposent pas de cette compétence.
L’inaptitude suppose une procédure médicale comprenant notamment un examen, une étude du poste et des conditions de travail, ainsi qu’un échange avec l’employeur.
Elle peut, sous conditions, être constatée pendant l’arrêt à l’occasion d’une visite médicale appropriée : il ne faut pas assimiler automatiquement cette visite à une pré-reprise.
L’employeur doit ensuite rechercher un reclassement, sauf dispense expressément prévue dans l’avis.
Un licenciement peut intervenir si le reclassement est impossible, si une proposition conforme est refusée ou si l’avis permet de se dispenser de cette recherche.
Les indemnités diffèrent selon l’origine professionnelle ou non de l’inaptitude.
Si le salarié n’est ni reclassé ni licencié dans le mois suivant l’examen ayant constaté l’inaptitude, l’employeur doit reprendre le paiement du salaire.
Une analyse de la procédure d’inaptitude et des obligations de reclassement permet d’en sécuriser les différentes étapes.
Peut-on être licencié pendant un arrêt maladie prolongé ?
Un salarié ne peut pas être licencié en raison de son état de santé. En revanche, l’arrêt maladie n’interdit pas tout licenciement.
Pour une maladie non professionnelle, des absences prolongées ou répétées peuvent, sous conditions, justifier une rupture lorsqu’elles perturbent le fonctionnement de l’entreprise et rendent nécessaire le remplacement définitif du salarié.
Une simple difficulté d’organisation ne suffit pas. Il faut aussi vérifier les garanties conventionnelles et l’origine des absences, notamment lorsqu’elles résultent d’un manquement de l’employeur.
D’autres motifs peuvent être envisagés, comme une faute distincte de la maladie ou un motif économique, dans le respect des règles applicables.
Les accidents du travail et maladies professionnelles bénéficient d’une protection spécifique.
Pour un cadre ou dirigeant dont la poursuite de la relation professionnelle devient difficile, cette analyse peut s’intégrer à la négociation des conditions de départ.
Questions fréquentes sur l’arrêt maladie prolongé
Anticiper les conséquences d’un arrêt maladie prolongé
Pour le salarié, les priorités sont de vérifier ses ressources, respecter les obligations de l’arrêt et préparer un retour compatible avec son état de santé.
Pour l’employeur, il faut articuler indemnisation, contrôle éventuel et démarches de santé au travail, en distinguant ces sujets de toute décision disciplinaire.
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Sources et références
- Service Public — Indemnités journalières (IJ) et complément employeur
- Service Public — Contrôle d’un salarié en arrêt de travail
- Service Public — Sorties pendant l’arrêt maladie
- Service Public — Visites de pré-reprise et de reprise
- Décret n° 2026-503 du 12 juin 2026 — Visites de préreprise et de reprise
- Service Public — Constat d’inaptitude pendant un arrêt de travail
- Service Public — Inaptitude après un arrêt maladie
- Service Public — Licenciement pour absences perturbant l’entreprise
- Assurance maladie — Prescription, téléconsultation et formulaire sécurisé
